İstanbul Boğazı’nda ilk vapur 1827’de satın alınarak işletilmeye başlanan buharlı gemiydi. II. Mahmut döneminde Tersane-i Amire tarafından satın alınan, İngiliz Kaptan Kelly’nin yönetimindeki Swift adlı bu vapur, halk arasında Buğ Gemisi adıyla anıldı.
İstanbul’un mesiresi Boğaziçi köylerinin ulaşım talebini artırmasıyla, 1837’de kapitülasyonlardan yararlanan biri İngiliz, öteki Rus iki şirket, 2 vapurla hizmete girdi. Ancak Osmanlı idaresi kısa bir süre sonra bu vapurların çalışmasını yasakladı.
Bu kez artan gereksinimi gidermek üzere harekete geçen Tersane-i Amire, 1838’de Mesir-i Bahri ve Eser-i Hayır adlı vapurları hizmete soktu ve bunlardan biri İstanbul’da, diğeri ise Marmara Denizi’nde İstanbul, Bandırma, İzmit ve Tekirdağ arasında işlemeye başladı.
Ayrıca dönemin deniz ulaşımından sorumlu Hazine-i Hassa Vapurları İdaresi de Hümapervaz adlı bir vapurla boğazda yolcu taşımacılığına girişti.
Vapurlar kayıkların pabucunu dama atıp da talep yükselince 1851’de Abdülmecid döneminde Türkiye’de kurulan ilk anonim ortaklık olan Şirket-i Hayriye kuruldu ve şirket, İngiltere’den satın aldığı yandan çarklı 6 gemi ile Boğaz’da yolcu ve yük taşımacılığına başladı.
Şirket İstanbul’un günlük yaşamında 94 yıl boyunca vazgeçilmez bir yere sahip oldu. 1945’e kadar önceleri siyah boyalı, semaver bacalı, zarif yandan çarklıları, sonraları daha büyükçe, geniş salonlu, uskurlu vapurlarıyla Şirket-i Hayriye, boğazın iki yakasını birleştirdi, bugünkü Boğaziçi´nin gerçek mimarı oldu.
Şirket-i Hayriye’nin 60 beygir gücünde, ahşap tekneli, yandan çarklı, saatte 5- 6 mil hız yapabilen; kaptan köşkleri ve ana güverteleri açık olan bu nedenle de kaptanlar ve yolcuların kış aylarında çok zorluk çektiği vapurlarının isimleri şöyleydi: 1 numaralı Rumeli, 2 numaralı Tarabya, 3 numaralı Göksu, 4 numaralı Beylerbeyi, 5 numaralı Tophane, 6 numaralı Beşiktaş.
Şirket-i Hayriye vapurlarının, genellikle numaraları ile anılması geleneği de bu dönem başlamış oldu. 94 yıllık tarihi boyunca özellikle bazı numaralı vapurlar, İstanbullu´ların vazgeçilmezi oldu. Şirketin zaman içinde 77 vapuru oldu. Bunlardan 66 tanesi İngiltere’de, 6 tanesi Fransa’da, 2 tanesi Almanya’da,1 tanesi Hollanda’da, 2 tanesi de İstanbul’da Hasköy’de inşa edildi. Şirketin yolcu vapurlarından başka 3 tane de kömür gemisi oldu. Şirket-i Hayriye’nin ilk kaptanlarının hemen hepsi, çoğu Rum olmak üzere gayrimüslimdi. Şirkette Türk olarak ilk kez Beykozlu Rıza Ömer Kaptan çalıştı.
Şirketin Avrupa yakasında; Salıpazarı, Kabataş, Beşiktaş, Ortaköy, Kuruçeşme, Arnavutköy, Bebek, Rumelihisarı (Kayalar), Boyacıköy, Mirgûn (Emirgan), İstinye, Yeniköy, Tarabya, Kireçburnu, Büyükdere, Sarıyer, Yenimahalle, Rumelikavağı, Altınkum; Anadolu yakasında da; Haydarpaşa, Salacak, Harem, Üsküdar, Kuzguncuk, Beylerbeyi, Çengelköy, Vaniköy, Kandilli,Küçüksu, Anadoluhisarı, Kanlıca, Çubuklu, Paşabahçe, Beykoz ve Anadolukavağı ile Haliç’te, Sütlüce iskeleleri vardı.
Şirket-i Hayriye, 1911’de Trablusgarp Savaşı, 1912’de Balkan Savaşı ve 1914’ten itibaren de I. Dünya Savaşı yıllarında vapurlarının çoğunu ordunun emrine verdi. I. Dünya Savaşı sona erdiğinde toplam 10 tane vapurunu kaybeden ve 5 vapuru da kullanılmaz hale gelen Şirket, iflasın eşiğine geldi. Savaşın sonunda elinde ancak 18 tane vapur kalan Şirket-i Hayriye, ancak devlet yardımıyla ayakta kalabildi.
Cumhuriyet’in ilanından sonra, 1944’te bütün vapurları, Hasköy’deki fabrikası, taşınır ve taşınmaz mal varlıklarıyla satın alınarak devletleştirildi. Vapurları ve mal varlığı Devlet Denizyolları İşletmesi’ne devredildi. 15 Ocak 1945’te çıkarılan 4517 sayılı yasayla, Şirket-i Hayriye, fiilen ortadan kalktı; Türkiye Denizcilik İşletmeleri adını aldı.
